De Sint-Jansmolen dankt zijn naam aan het feit dat zij onderaan de Sint-Jansstraat was gelegen.

In 1314-1354 lagen er op deze plaats zelfs drie molens. Aan de stadszijde lagen de eigenlijke Sint-Jansmolen en de molen van Berghe. Ze waren in 1614 met een gezamenlijk dak bedekt, hadden een enkele toegangsdeur en behoorden tot dezelfde eigenaar. Aan de zuidelijke oever van de Jeker, juist tegenover de genoemde molens, lag de Heilige Geestmolen, waarvan de stedelijke Armentafel de oorspronkelijke eigenares blijkt te zijn geweest. In de 15e eeuw is deze instelling echter tot erfbegeving overgegaan en is de molen in het bezit van de families Witten en van Spauwen gekomen. In de Sint-Jansmolen, sensu stricto, werd enkel boomschors ten behoeve van de leerlooiers gemalen; de molen van Berghe was een graanmolen en de H.Geestmolen  was in 1630 een speltmolen.
De drie molens van Sint-Jan waren leengoederen van de Luikse Kerk. In de 18e eeuw hoorden ze toe aan de familie de Moffart uit Hoesselt. In 1772 verkocht baron Willem-Lodewijk-Gerard de Moffart ze aan het consortium van de Wijkmolen.

Op 25 maart 1846 keurde de Bestendige Deputatie van de provincie Limburg de vastgestelde pegelhoogte van 1,960 meter goed. De molen was toen in het bezit van Guillaume Tournoye, die ook het watermolencomplex van de Kruikesmolen aan de Moerenpoort en de Motmolen tte Tongeren bezat.

Gebeurtenissen na 1840:

* op C487, Sint-Janstarwemolen, watergraanmolen (gebouwd voor 1772)
- 1857: gesplitst in een watergraanmoeln (C487a) en een waterschorsmolen (C487b)
- 1883: terug één molen onder C488a
- 1898: veranderd in landgebouw
- 1899, vergroting, wordt leertouwerij
- 1902: bescheven als waterleervelmolen
- 1908: vergroting
- 1937: verandering van bestemming; gedeeltelijke afbraak

* op C489, Sint-Jansschhorsmolen (gebouwd voor 1508)
- tot 1847: waterschorsmolen
- 1847: veranderd in wateroliemolen
- 1868: veranderd in opslagplaats en koetshuis.

Eigenaars na 1840:
- voor 1844,  eigenaar: Tournaye Guillaume, griffier vredegerecht te Tongeren
- 1864: de weduwe en de kinderen
- 1884, erfenis: a) Daris-Tournaye Constant, rechter te Tongeren, b) Tournaye Alfons, nijveraar te Tongeren
- 1894, erfenis: Daris-Tournaye Constant, de weduwe, te Tongeren
- 1898, verkoop: Maréchal-Rosmeulen Jan, looier te Tongeren
- 1902, verkoop: Stad Tongeren
- 1928, verkoop: Nartus-Jaspard Alfons, brouwer te Tongeren
- 1935, regularisatie: Gilmans-Gaspard Gaston, de weduwe, nijveraar te Tongeren

Thans staat er een appartementsgebouw.

Henri BAILLIEN, Lieven DENEWET & Herman HOLEMANS

Henry Baillien, "De molens bij de Moerenpoort te Tongeren", Het Oude Land van Loon, XXIII, 1968, p. 169-202.
Henry Baillien, "De molens van Sint-Jan te Tongeren", Limburg, LV, 1976, p.198-211.
Lieven Denewet, "Inventaris van de Limburgse watermolens met hun pegelhoogtes (1846-1849)", Molenecho's, 39, 2011, nr. 2;
Herman Holemans & Werner Smet, "Limburgse watermolens. Kadastergegevens: 1844-1980", Kinrooi, Studiekring Ons Molenheem, 1985;
"Watermolens Zuid-Limburg", Tongeren, Werkgroep Molenzorg Zuid-Limburg, s.d.